Komisioni Europian ngre shqetësime për sigurinë ushqimore në Shqipëri, duke evidentuar mangësi në funksionimin e AKU-së, kontrollet ushqimore, monitorimin e pesticideve dhe kapacitetet laboratorike. Në raportin e vitit 2026, KE thekson se legjislacioni shqiptar në këtë fushë mbetet vetëm pjesërisht i përafruar me standardet e Bashkimit Europian.
Një nga problematikat kryesore lidhet me Autoritetin Kombëtar të Ushqimit. Komisioni kërkon reforma institucionale, qartësim të kompetencave të inspektimit dhe më shumë transparencë në administrimin e të dhënave dhe kontrolleve. Mangësi evidentohen edhe te laboratorët, ku sipas raportit nevojiten më shumë kapacitete, akreditim dhe metoda të validuara për analizimin e produkteve ushqimore.
KE kërkon gjithashtu kontrolle më të forta për mbetjet e pesticideve dhe masa më efektive në rastet kur produktet nuk përmbushin standardet. Raporti vëren probleme edhe në sektorin veterinar, veçanërisht në gjurmueshmërinë e kafshëve, monitorimin e sëmundjeve dhe menaxhimin e nënprodukteve shtazore. Një tjetër shqetësim lidhet me rrezikun e korrupsionit në proceset e inspektimit dhe certifikimit. Komisioni kërkon forcimin e transparencës, llogaridhënies dhe masave parandaluese në kontrollet veterinare dhe fitosanitare.
